Por otro lado, la reforma parcial que recibió la Ley de Bancos en febrero de 1988, le otorgó a la Superintendencia de Bancos potestad exclusiva de poner en práctica medidas preventivas en caso de ser detectadas irregularidades en el manejo de alguna entidad bancaria. A raíz de la crisis financiera de 1994 donde las medidas adoptadas no llegaron al fondo de la solución de los problemas que colapsaron el sistema financiero y los organismos de vigilancia y control no escaparon de esa realidad. Allí quedó evidenciada la debilidad estructural y funcional de la Superintendencia de Bancos de esa década, que a pesar de los esfuerzos realizados no pudo evitar el fatal desenlace del cierre de varias instituciones financieras. Después de normalizada la crisis bancaria se realizó una profunda reestructuración de la SUDEBAN con relación a los aspectos tecnológicos, una mejor planificación de las inspecciones  y mejor capacitación del recurso humano. También se ejecutaron medidas de carácter externo como la implementación de regulaciones para las fusiones bancarias, constitución de provisiones bancarias, normativas para presentar y registrar las informaciones financieras, supervisión preventiva, mecanización de la información, entre otros aspectos. Hoy en día la SUDEBAN presenta nuevos aires de modernidad que abarcan desde la remodelación de sus instalaciones hasta programas que automatizan la presentación e interpretación de los resultados obtenidos en las inspecciones, estos son algunos de los aspectos que harán de la SUDEBAN un Ente regulador bancario a la altura de los mejores organismos del ámbito internacional.